引物设计软件，引物设计软件的原则

引物设计软件，引物设计软件的原则

1.引物设计的基本原则

-引物位置选择：引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（如DNAman）比对，各基因相同的序列就是该基因的保守区。

引物长度：引物长度一般在15-30碱基之间。典型的引物长度为18。

GC含量：引物GC含量在40%-60%之间，Tm值最好接近72℃。

Tm值差异：设置引物的Tm值范围，以及上下游引物Tm值相差的最大范围，确保反应的稳定性。

特异性：引物应具有特异性，避免非特异性扩增，确保实验结果的准确性。

2.常用引物设计软件介绍

-rimerremier5.0：rimerremier主要由GeneTank序列编辑、rimer引物设计、Align序列比较、Enzyme酶切分析、Motif基序分析这些功能板块组成。很多人习惯于用5.0这个经典版本，并且认为比后来的更新版本更好用，我们也更推荐使用rimerremier5.0。

Oligo6/7：Oligo6/7引物分析评价验证功能强大，可以与rimerremier5.0配合使用，进行自动搜索和分析评价。

在线工具：在线工具中，rimer-LAST和rimer3是首推的选择。除此之外，还有一些其他的软件/在线工具，可以满足不同用户的需求。

3.引物设计注意事项

-外显子/内含子跨越设置：在荧光定量CR中，为了消除基因组DNA对实验的影响，引物设计时需要考虑外显子/内含子跨越设置。引物分析评价验证：引物设计完成后，需要进行分析评价验证，确保引物的质量和特异性。

4.引物设计软件的最佳搭配

-软件搭配：引物设计的最佳软件搭配是Oligo6和rimerremier5，以rimerremier5进行自动搜索，Oligo6进行分析评价。

通过以上介绍，相信大家对引物设计软件和引物设计原则有了更深入的了解。在实际应用中，选择合适的引物设计软件和遵循正确的引物设计原则，是保证实验成功的关键。